前言

最近干的活有很多涉及环境配置的工作，有很多细节需要注意，稍有疏漏就有可能让你捣鼓一天，因此把这些环境配置的细节和步骤整理下来以便往后查看。

主要分为两个部分，分块程序环境配置和图谱程序环境配置，具体如下：

分块程序环境配置

  • 首先接受介绍一款Linux系统下软件包下载神器：新立得（Synaptic），它是Linux操作系统的包管理工具apt的图形化前端。它可以以图形界面代替apt-get install命令来对软件包进行下载，因此我们在配置环境之前先安装新立得（Synaptic），指令如下：

    sudo apt-get install synaptic
  • 分块代码主要需要配置MEPP和SPHARM-PDM-master这两部分代码的运行环境，我之前用Ubuntu 16.04版本的系统试验的时候，多次失败，后来改为14.04后一次成功，所以在陪环境的时候不要用高版本的Ubuntu系统。默认已经装好了g++，以及make，如不知道怎么装，移步Linux 下配置ITK

    MEPP

  1. 建一个build文件夹存放make编译后的文件，在ccmake配置过程中，依次需要安装CGAL，用新立得（Synaptic）搜索CGAL，安装libcgal-dev.

  • 安装软件包qt4，用Synaptic搜索qt4，一直往下翻，安装libavahi-qt4-dev这个软件包。

  • 安装QGLViewer，用Synaptic搜索QGLViewer，安装libqglviewer-dev这个软件包。

  • 下载xerces源码包，源码包下载链接http://xerces.apache.org/xerces-c/download.cgi,先将xerces源码包解压到/usr/include文件加下（需要root权限），进入xerces文件家中执行如下语句(#号代表在root权限下)：

    # chmod +x configure

    # ./configure --prefix=/usr 

    # make

    # make install
  • 之后在ccmake这一块应该就不会有什么关卡了，接下来就是make编译，大概需要等10多分钟，结束之后会出现一个mepp文件，要是能正常执行就说明大功告成了。

    SPHARM-PDM-master

  1. 这个ccmake配置这一块很简单，也要建一个build文件夹存放make编译后的文件，然后安装一个git-svn和libsvn-dev,用Synaptic搜索SVN，安装git-svn和libsvn-dev软件包就可以了。
  2. 之后用make编译，编译过程需要联网，时间会很长，大概要1-2个小时，中途没有报错，顺利完成就没有问题了。

图谱程序环境配置

  • 要运行图谱的程序，需要先安装ITK，这是大前提，具体步骤在这：Linux 下配置ITK。
  • 接着需要安装eigen源码包，同上一样，用Synaptic搜索eigen，然后下载安装，文件保存在/usr/inlcude/目录下，进入到eigen文件中，把其中的Eigen文件夹拷贝到上一级目录中，这样才能起效。
  • 下载elastix，同样是在Synaptic中搜索，完事之后会在/usr/bin/文件夹中出现elastix和transfoxmix两个文件，然后拷贝到需要的地方去就行了。
  • 训练和分割是需要下载libblas-dev和liblapack-dev这两个源码包，方法如上，搜索libblas和liblapack。
  • 计算精度的代码需要下载libann-dev源码包，用Synaptic搜索libann。