SPHARM-PDM

  • 形状分析已经成为医学界日益增长的兴趣，因为它有可能精确地定位健康和病理结构之间的形态学变化。 SPHARM-PDM是一种使用参数边界描述计算基于点的模型来计算形状分析的工具。
  • 使用SPHARM-PDM工具计算的基于点的模型可以与UNC设计的统计工具形状分析MANCOVA结合使用，以对特定位置的结构变化进行定量形态学评估。
  • 自2017年7月起，SPHARM-PDM现在可作为3D切片扩展（ http://www.slicer.org ）和SlicerSALT（salt.slicer.org）的一部分。 通过SlicerSALT传播SPHARM-PDM现在是下载新版本SPHARM-PDM的主要传播方式。
  • 有关问题，请参阅nitrc论坛，网址为：https://www.nitrc.org/projects/spharm-pdm

SegPostProcessCLP

  • ⇒填充内孔。
  • ⇒执行最小平滑操作 确保球形拓扑。

    SegPostProcessCLP参数解释：

./SegPostProcessCLP label.nii brain-segout/label-segout.vtk --space 1.5,1.5,1.5
  • SegPostProcessCLP --help 可以查看各种参数的意思。
  • --space x,y and z 的方向（默认：0.75,0.75,0.75）
  • --iter <int>LS平滑的迭代次数,默认50次
  • --Gauss 0/1: if selected, do a Gaussian Filtering
  • --RMS <double>LS平滑的均方根值误差

GenParaMeshCLP

  • ⇒处理二进制分段是 转换为原始表面网格。
  • 计算球面参数。

    GenParaMeshCLP参数解释：

./GenParaMeshCLP brain-segout/label-segout.vtk brain-meshout/label-para.vtk brain-meshout/label-surf.vtk --label 1
  • --label 1输入图像中的标签ID
  • --iter <int>选择迭代的次数,默认是500次
  • --outLogName <std::string>：Output Log txtFile
  • --logFile：write a .txt file with a log of events

•ParaToSPHARMMeshCLP

  • ⇒具有固有的SPHARM描述
  • 然后从中计算出对应关系 网格及其球形参数化。
  • ⇒对应的三角曲面 （SPHARM-PDM）。
  • 二十面体的球面参数化

    ParaToSPHARMMeshCLP参数解释：

./ParaToSPHARMMeshCLP brain-meshout/label-para.vtk brain-meshout/label-surf.vtk brain-align/label

MEPP

  • MEPP旨在围绕新的网格处理技术构建一个框架。 面向模块化，它面向开发人员和GUI用户。
  • MEPP是基于CGAL类“多面体”的平台开发环境，用于网格和网格序列的处理和可视化。它允许加载多个网格或网格序列，进行处理和可视化。 它旨在为工程师，研究人员，也为快速入门的学生提供建议。

特征：

  • C ++，开源（GNU GPL v3），
  • 多平台（Windows，Linux，Mac OS X）
  • 用CMake编译，
  • 安装快捷方便，
  • 安装文件，用户手册，
  • VMware虚拟机与Ubuntu Linux“准备启动”，
  • 从一个应用程序窗口或从浏览器拖放对象。

    支持格式：

  • obj (Wavefront),
  • off (Object File Format),
  • ply (Polygon File Format),
  • smf (3D World Studio),
  • x3d (XML based royalty-free open standard file format),
  • 3ds (3ds Max),
  • dae (Collada),
  • lwo (LightWave).

Export：

  • 图像捕获，
  • 视频截取。

显示功能：

  • 管理一个或多个窗口中的多个对象，
  • 使用“显示列表”加速显示。

MEPP平台允许两种类型的加载：

  • 模式“空间”，其中将几个对象加载到同一场景中，
  • 模式“时间”，其中将几个对象作为网格序列加载。

然后可以通过VCR 3D + t可视化序列。

组件 ：

  • 实现为具有自动检测和加载的插件，
  • 在编译时选择组件，
  • 从示例中轻松创建新组件。

可用组件：

  • 基本网格处理：三角剖分，细分，简化，
  • 曲率分析，
  • 布尔运算：联合，交集，减法，
  • 分割（变形形状近似），
  • 逐行压缩/水印，
  • 视觉质量指标，
  • remeshing：规范简化，
  • 数学形态学，
  • 网格修复

通过创建新的组件来为平台做出贡献的可能性。

组件“布尔运算”：

组件“分割”：

组件“曲率”：

off文件格式(Object File Format)

  • Object File Format(off)文件通过描述物体表面的多边形来表示一个模型的几何结构。这些多边形可以包含任意数量的顶点。Princeton Shape Benchmark的off文件遵从以下标准：

    1. off文件为ASCII文件，以OFF关键字开头。

    2. 下一行是该模型的顶点数，面数和边数。边数可以忽略，对模型不会有影响(可以为0)。

    3. 顶点以x，y，z坐标列出，每个顶点占一行。

    4. 在顶点列表之后是面列表，每个面占一行。对于每个边，首先指定其包含的顶点数，随后是这个面所包含的各顶点在前面顶点列表中的索引。

  • 下面是一个立方体的例子：

OFF 
8 6 0 
-0.500000 -0.500000 0.500000 
0.500000 -0.500000 0.500000 
-0.500000 0.500000 0.500000 
0.500000 0.500000 0.500000 
-0.500000 0.500000 -0.500000 
0.500000 0.500000 -0.500000 
-0.500000 -0.500000 -0.500000 
0.500000 -0.500000 -0.500000 
4 0 1 3 2 
4 2 3 5 4 
4 4 5 7 6 
4 6 7 1 0 
4 1 7 5 3 
4 6 0 2 4