分块程序执行

前言

分块程序依然是基于ITK的，但是借助的辅助工具比较多，有一些还需要自己编译过后才能用，但是都可以在网上下载得到，先介绍一下工具MEPP、SPHARM-PDM-master和ParaView这3个工具的获得，在介绍程序执行的具体步骤。

MEPP和SPHARM-PDM-master

这两个工具的编译过程在关于环境配置的一些事中有介绍。
MEPP/build中的mepp和SPHARM-PDM-master/build/SPHARM-PDM-build中的GenParaMeshCLP、ParaToSPHARMMeshCLP、SegPostProcessCLP的文件是我们最后需要的，用的时候拷贝到需要的地方就可以了。
ParaView
这是个3维图像软件，从官网下载即可，如果是Linux版本的话，打开bin文件夹下的paraView即可，主要用来做3维文件的格式装换。
分块程序执行步骤

先将nrrd格式的二值图像文件转化为nii格式的，转化的代码在此处获得：nrrd2nii。

将GenParaMeshCLP、ParaToSPHARMMeshCLP、SegPostProcessCLP和nii文件放到同一文件夹下，在此文件夹下运行GeneralMesh脚本，脚本内容如下：

#!/bin/bash

mkdir brain-segout
for ((a=0; a <= 19; a++))
do
	./SegPostProcessCLP brain-$a.nii brain-segout/brain-$a-segout.vtk --space 1.5,1.5,1.5
done
mkdir brain-meshout
for ((a=0; a <= 19; a++))
do
	./GenParaMeshCLP brain-segout/brain-$a-segout.vtk brain-meshout/brain-$a-para.vtk brain-meshout/brain-$a-surf.vtk --label 1
done

mkdir brain-align

for ((a=0; a <= 19; a++))
do
	./ParaToSPHARMMeshCLP brain-meshout/brain-$a-para.vtk brain-meshout/brain-$a-surf.vtk brain-align/brain-$a 
  done

数据名字与数据个数随自己的数据情况修改。
执行这个脚本需要很长时间，待执行完之后，在brain-align文件加下会出现brain-$aSPHARM_ellalign.vtk形式的文件，先用ParaView软件将该类型的文件挨个转化为.ply格式，然后用mepp软件将.ply文件转化为.off文件，在保存的时候会跳出两个提示框：Do you want to save colors?、Do you want to save normals?，都选择NO就行，得到的.off 文件需要去掉第二行（mepp的注释）。
进入meshSegmetation,该文件夹里有meshSeg.cpp等程序及CmakeList.txt,新建build文件夹,在build下面新建data和training两个文件夹，data里面放测试数据，training里面放训练数据，都是.off文件。
用average.cpp求data里面数据的平均值，根据数据的情况修改average.cpp文件，会得到meanShape_liver.off，将meanShape_liver.off保存到meshSegmetation/build中。
在meshSegmetation/build中ccmake、make、./main后得到shapeVariation_Face.csv和shapeVariation_Vertex.csv，将这两个文件放到MEPP/build中，打开mepp软件，用该软件打开meshSegmetation/build中的meanShape_liver.off文件，点击components——segmentation——VSA——Variation Segmentation，修改Region Number为要分的块数，数字不要太大，否则会崩掉，再点击components——segmentation——VSA——Face Label to Map，会得到’seg.csv’。
将得到的seg.csv放入到meshSegmetation/build文件夹中，并在该文件夹中建labels 、segs 和 segsF三个文件夹，注释掉meshSeg.cpp中的前3行有用代码，重新编译，运行main
```
./main
```
最终结果会出现在segsF文件中，用mepp软件打开便可以看到分块的情况。

前言

MEPP和SPHARM-PDM-master

ParaView

分块程序执行步骤